Jakmile je oznámen příjem pacienta s podezřením na hemoragickou horečku ebola nebo s prokázaným onemocněním, je vyrozuměn lékař týmu pro VNN (který je určený vždy na 24 hodin). Ten se ujímá iniciativy tak, že
   - kontaktuje epidemiologa (který učinil nebo teprve provede odbornou analýzu a stanoví stratifikaci rizika) a
   - v případě suspektního nebo prokázaného případu horečky ebola rozhoduje o dalších krocích ve spolupráci s primářem nebo vedoucím lékařem služby.

V případě potřeby se povolá hasičský záchranný sbor (HZS), pokud nebyl aktivován prostřednictvím epidemiologa.
Hasiči po příjezdu rozvinou dekontaminační jednotku a do ní umístí místní (měkký) biovak.
Také provádí dekontaminaci osob v kontaktu, mohou se podílet na dekontaminaci (desinfekci) prostor, kterými prošel chodící nemocný.

Lékař a sestra týmu pro VNN se obléknou do ochranného obleku a všech ochranných pomůcek, které zahrnují
- obličejovou roušku,
- vnitřní rukavice,
- ochranný oblek s připevněnou filtroventilační jednotkou,
- gumovou obuv a
- zevní rukavice (které se sundají po ukončení práce ještě v bioboxu).
Oblékání asistuje kdokoli z přítomného personálu kliniky.

Přivezený pacient je v biovaku vyložen transportním týmem a umístěn do dekontaminační jednotky, aby byl případně přendán do místního biovaku.

V dekontaminační jednotce je pacient přesunut z dovezeného biovaku do místního biovaku, jehož povrch je dekontaminován (nejspíše postřikem 1,5% roztoku Persterilu).

V zevně dekontaminovaném biovaku je pacient převezen do bioboxu.
Pokud je pacient chodící, může být po dekontaminaci převeden prázdnými prostory ambulantního traktu pouze s užitím ochranných pomůcek, tj. s obličejovou maskou se štítem (bez výdechového ventilu), v empíru a s návleky na obuv.

Pacient se uloží na lůžko v bioboxu.
Použitý biovak se složí a ponechá v bioboxu.
Následuje náročná zdravotní péče o pacienta.
Personál má být v prostorách bioboxu po nejnutnější dobu. Mimo biobox se pohybuje v základních ochranných pomůckách (v roušce, empíru, rukavicích, návlecích na obuv). Pracovníci, kteří jsou právě mimo biobox, své kolegy v ochranném obleku a v bioboxu při úkonech kontrolují a pomáhají zejména při dekontaminaci.
Pacientovi se odebere vzorek krve
- k průkazu genové sekvence viru Ebola, viru horečky dengue a původce malárie,
- k stanovení základních hematologických a biochemických parametrů bed-side analyzátorem (POCT) a
- pro rychlotest na malárii.
Molekulárně genetické vyšetření na přítomnost viru Ebola se provádí  zahraničním pracovišti, kam se vzorek v dekontaminovaném ochranném dvojobalu (vnitřním sáčku a zevním omyvatelném kontejneru) dopravuje kurýrní službou.
Podle stavu a diagnóz, které přichází v úvahu, jsou zavedeny
- infuzní terapie,
- oxygenoterapie,
- léčba antibiotiky (obvykle ceftriaxon)
- léčba antimalariky (např. Malarone, Riamet)
- léčba lamivudinem (Epivir) při naléhavém podezření na horečku ebola
- další symptomatická opatření.
Určité úkony je snaha provádět ze zevnějšku přes prostupy ve stěně bioboxu.
Veškerý materiál použitý při ošetřování je vkládán do odpadového kontejneru na pokoji.
Před opuštěním bioboxu personál vstupuje do oplachové jednotky (dekontaminační komory), kde se v obleku osprchuje pomocí mobilní i fixních sprch (po dobu 5-10 minut). Až po této dekontaminaci se vychází z bioboxu. Ochranné pomůcky se svléknou venku a umístí do odpadového pytle.